MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Borrelia burgdorferi N40 plasmid N40_lp28-2

Total Repeats: 158

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017419	ATT	2	6	4	9	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017419	CAT	2	6	43	48	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_017419	CTT	2	6	157	162	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017419	TA	3	6	183	188	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017419	T	9	9	211	219	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017419	ATAA	2	8	2178	2185	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017419	ATT	2	6	2225	2230	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017419	AGG	2	6	2231	2236	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017419	ATT	2	6	2787	2792	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017419	CT	3	6	2807	2812	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_017419	CTT	2	6	2823	2828	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_017419	ATT	2	6	2875	2880	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017419	TAC	2	6	2890	2895	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_017419	TAT	2	6	2904	2909	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017419	TTAAAT	2	12	2913	2924	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017419	ACT	2	6	2948	2953	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_017419	CTT	2	6	2982	2987	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_017419	T	6	6	4197	4202	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017419	ATATT	2	10	4212	4221	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017419	T	6	6	4342	4347	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017419	A	6	6	4370	4375	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017419	TA	4	8	4384	4391	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017419	T	7	7	6822	6828	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017419	A	6	6	6829	6834	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017419	T	6	6	6850	6855	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017419	AG	3	6	6856	6861	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017419	TA	3	6	7447	7452	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017419	AAAAGA	2	12	7477	7488	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017419	ATA	2	6	7534	7539	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017419	TA	3	6	7565	7570	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017419	A	6	6	7573	7578	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017419	T	7	7	7604	7610	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017419	GTTC	2	8	10960	10967	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_017419	AAAC	2	8	10975	10982	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_017419	GCC	2	6	11003	11008	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_017419	T	9	9	11169	11177	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017419	CCT	2	6	14485	14490	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_017419	T	7	7	14492	14498	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017419	C	7	7	15029	15035	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
40	NC_017419	ATCT	2	8	15043	15050	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_017419	TAA	2	6	15076	15081	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017419	TGT	2	6	15205	15210	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017419	T	8	8	15213	15220	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017419	CTCAGC	2	12	15395	15406	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
45	NC_017419	TCT	2	6	15423	15428	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_017419	T	7	7	15449	15455	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017419	CTT	2	6	15546	15551	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_017419	ATTT	2	8	15553	15560	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017419	CCT	2	6	15576	15581	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_017419	AAATT	2	10	15585	15594	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017419	TTCAT	2	10	15616	15625	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017419	TTTC	2	8	15659	15666	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_017419	TTAA	2	8	15670	15677	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017419	TCA	2	6	15715	15720	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_017419	AATG	2	8	15807	15814	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017419	A	6	6	15854	15859	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017419	ATC	2	6	16005	16010	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_017419	TC	3	6	16012	16017	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_017419	ATC	2	6	16024	16029	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_017419	T	7	7	16063	16069	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017419	GTT	2	6	16139	16144	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017419	GT	3	6	16177	16182	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017419	ATA	2	6	16185	16190	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017419	T	8	8	16198	16205	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017419	T	6	6	16263	16268	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017419	CAA	2	6	16288	16293	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_017419	T	6	6	16329	16334	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017419	TG	3	6	16342	16347	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017419	ATC	2	6	16349	16354	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_017419	ACT	2	6	16365	16370	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017419	T	7	7	16414	16420	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017419	ATT	2	6	16436	16441	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017419	AAT	2	6	16446	16451	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017419	CAT	2	6	16462	16467	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_017419	TGGTG	2	10	16548	16557	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017419	T	6	6	16595	16600	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017419	CCT	2	6	19749	19754	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_017419	T	6	6	19844	19849	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017419	TG	3	6	19985	19990	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017419	GTT	2	6	20038	20043	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017419	AAG	2	6	20048	20053	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017419	ATT	2	6	20063	20068	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017419	ATTA	2	8	20119	20126	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017419	T	8	8	20199	20206	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017419	T	7	7	20208	20214	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017419	AATGC	2	10	20217	20226	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_017419	T	6	6	20255	20260	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017419	TGA	2	6	20293	20298	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017419	TCT	2	6	20306	20311	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_017419	ATG	2	6	20322	20327	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017419	TG	3	6	20351	20356	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017419	TTC	2	6	20386	20391	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_017419	TCC	2	6	20404	20409	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_017419	GTT	2	6	20433	20438	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017419	CTT	2	6	20507	20512	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_017419	AGT	2	6	20588	20593	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017419	CAT	2	6	20694	20699	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_017419	AAC	2	6	20716	20721	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_017419	CTCGTA	2	12	20813	20824	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_017419	T	8	8	20854	20861	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017419	A	6	6	20874	20879	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017419	GT	3	6	20961	20966	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017419	A	6	6	21022	21027	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017419	TTG	2	6	21034	21039	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017419	ATC	2	6	21065	21070	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_017419	AT	3	6	21141	21146	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017419	TTG	2	6	21193	21198	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017419	GGA	2	6	21227	21232	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017419	ATT	2	6	21270	21275	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017419	GAA	2	6	21427	21432	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017419	ATTG	2	8	21467	21474	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017419	GTT	2	6	21490	21495	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017419	T	6	6	21494	21499	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017419	CTT	3	9	21508	21516	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_017419	TC	3	6	21534	21539	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
116	NC_017419	ACATA	2	10	21583	21592	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_017419	TAA	2	6	21631	21636	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017419	ACA	2	6	21709	21714	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_017419	TCT	2	6	21738	21743	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_017419	CAT	3	9	21793	21801	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_017419	TAGTT	2	10	21815	21824	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017419	T	6	6	21823	21828	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017419	TAT	2	6	21830	21835	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017419	ATTG	2	8	21899	21906	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017419	TAG	2	6	21938	21943	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017419	AGT	2	6	21949	21954	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017419	CTG	2	6	21999	22004	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_017419	GAA	2	6	22079	22084	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017419	TTC	2	6	22100	22105	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_017419	TGCT	2	8	22135	22142	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_017419	T	6	6	22168	22173	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017419	CAA	2	6	22198	22203	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_017419	TCT	2	6	22284	22289	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_017419	TTC	2	6	22304	22309	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_017419	T	6	6	24232	24237	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017419	A	7	7	24245	24251	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017419	A	9	9	24270	24278	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017419	TAAA	2	8	24279	24286	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017419	CTAG	2	8	24294	24301	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_017419	ATT	2	6	24344	24349	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017419	A	6	6	24388	24393	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017419	T	8	8	24399	24406	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017419	T	6	6	24409	24414	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017419	A	6	6	24421	24426	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017419	AT	3	6	24436	24441	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017419	T	6	6	24466	24471	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017419	A	8	8	24485	24492	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017419	TGCA	2	8	24524	24531	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
149	NC_017419	AGG	2	6	26490	26495	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017419	ACA	2	6	26569	26574	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_017419	T	7	7	26596	26602	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.